依山而造，始建于北宋大中祥符元年（1008），建時賜額為禪宗寺院。 近千年來，寺院屢經修建，明弘治六年（ 1493 年），由于年久失修，寺宇破敗，寺中僧人德慶和惠福兩人進行重修。明萬歷四十六年（ 1618 年）、清康熙三十三年（ 1694 年）、同治七年（ 1868 年）又進行多次修理，最后定名為善法寺。黨的十一屆三中全會之后，寺院恢復生機。 1983 年，南山善法寺被列為重點文物保護單位。 1985 年 11 月被批準為對外開放宗教場所。之后，南山善法寺在各級政府的關懷和各屆人士的支持下，相繼修建了山門、天王殿、藥師殿、圓通殿、大雄寶殿、三圣殿、觀音殿、玉佛殿、月桂亭、九龍壁、七寶塔等景點。全國政協副主席、中國佛教協會會長趙樸初題寫了寺名、大雄寶殿和玉佛殿殿名。殿內有上千尊佛像，形態各異，栩栩如生。現在，寺院占地面積 20 畝，由 10 間廂房及 8 間齋堂組成。
2009年12月13日，浙江省臺州市路橋區南山善法寺隆重舉行了建寺千年慶典暨藥師寶塔奠基法會。